Avogadro dibuja en tres dimensiones diferentes composiciones moleculares mostrando todas las perspectivas posibles. Lo mejor de este programa se encuentra en la manipulación y animación de las moléculas que se pueden dibujar. Simplemente usando los botones del ratón o girando las barras de desplazamiento de los tres ejes, situaremos el diseño en cualquier posición. También se puede hacer que la pieza gire en cualquier sentido y dirección. En definitiva, lo más destacable de Avogadro es su visualizador, aunque también se puedan dibujar varias estructuras y guardarlas en archivos.